Deník zoologa z Madagaskaru (Zoological diary from Madagascar)

 Den devátý -návštěva u domácích

(English version at the end of the article)

Tohle ráno jsem přivítal s pocitem, že je úžasné, že jsem se vzbudil a navzdory nemoci můžu v cestě pokračovat. Na prohlídku centra města Fianarantsoa jsem nešel a čekal jsem na ostatní v mikrobusu. U toho jsem se alespoň snažil fotografovat okolní lidi. Dnešní den nás čekal především přesun na sever do města Antsirabe. Mohl jsem ho tedy využít pro odpočinek. 

Krajina kolem byla suchá, protože zde nepršelo už hodně dlouho. Procházeli jsme kolem rýžových polí a míst, kde se vyráběly cihly z hlíny. Jsou nejdříve tvarovány, pak sušeny na slunci a nakonec páleny ve velikých pecích. Několikrát jsme potkali muže z kmene Bara, kteří putují se svými stády na veliké vzdálenosti. Už jsme se ale nacházeli na území kmene Betsileo, což je druhé nejbohatší etnikum ostrova po královském kmenu Merina žijícím severněji. Před polednem jsme zastavili u obydlí rodiny, která právě sušila rýži podél cesty. Gerard se zeptal místní paní, jestli by nás nevzala na návštěvu a ona souhlasila. Mohli jsme tedy nahlédnout do soukromí Malgašů a byl to opravdu prazvláštní zážitek. Dům měl dvě poschodí, v přízemí byla zvířata (viděl jsem jednu kachnu). Vstup byl malinký, protože Malgaši zdaleka nedorůstají rozměrů běžných pro lidi v Evropě. Nahoru se dalo vylézt jenom po tenkém a vratkém dřevěném žebříku. V prvním patře se v pokoji nacházela jenom jednoduchá postel a různé věci zavěšené na zdi. Úplně nahoře byla kuchyň a zároveň místo pro malé dítě. Životní úroveň je na ostrově velice nízká a Madagaskar patří mezi nejchudší země světa. Všude kolem byla spousta dětí, kterým jsme dávali bonbóny a tužky. Gerard se po celou cestu staral o to, aby si děti naše dárky spravedlivě rozdělily a bylo tomu tak i tentokrát.

Pokračovali jsme pořád na sever a já jsem většinu času odpočíval na zadních sedadlech. Na oběd jsme se zastavili v restauraci, kde hrála místní hudební skupina. Byla to pizzerie a jedli jsme zde jedinou pizzu, kterou jsem na Madagaskaru viděl. Byla zvláštní, protože těsto bylo tvořeno z veliké části z mléka. Bylo velice zajímavé sledovat dvůr opodál, kde si opět nešlo nevšimnout přítomných vzácných želv, která byla jako jediná zvířata volně. Kočky, psi, morčata, zajíci -to všechno bylo zavřeno v klecích. Zdá se, že želvy zde opravdu mají hodně velikou oblibu.

Poslední významná zastávka tohoto dne byla v městečku Ambositra, které je proslaveno svými obchody s výrobky ze dřeva. Místní lidé jsou nesmírně zruční a opravdu bylo z čeho vybírat. Cena výrobků je navíc extrémně nízká na evropské poměry. Jako biolog jsem si ale brzo uvědomil, že tyto předměty jsou vyrobeny z těch nejvzácnějších tropických dřevin, jako je mahagon, palisandr nebo eben. Kdoví, odkud tohle dřevo pochází... Korupce je na Madagaskaru veliká a už bylo odhaleno několik případů, kdy se vzácné dřevo těžilo přímo v národních parcích. Nejlepší, co v takovéhle situaci můžete udělat je, že si předmět z takhle vzácného materiálu nekoupíte. Před jedním z obchodů nás zaujala židle udělaná kompletně z masivního dřeva s dlouhou opěrnou částí. Matúš nám sdělil, že něco podobného se dá najít pouze v daleké Mauritánii. 

Dnešní den jsme zakončili večerním příjezdem do Antsirabe, což je nejbohatší město ostrova díky své lázeňské historii. Z pohledu zoologa je tahle část ostrova poměrně chudá a kromě národních parků už zde nenajdete ani žádné přirozené ekosystémy. Načasování bylo tedy skvělé -léky měly začít pomalu účinkovat a já bych měl být připraven na výpravy do terénu. Bohužel se účinek léků dostavoval velice pomalu a tenhle večer nebyl o moc lepší než ten předchozí.

Foto měsíce (Photo of the month)

Duben 2013

V dubnu se povedlo mnoho zajímavých fotografií, vybírám ale jednu, která se týká přímo mého vědeckého výzkumu. Vznikla v Moravském krase během odběrů tkání pro analýzu DNA u netopýrů s ohledem na syndrom bílého nosu. Zde je zachycen vrápenec malý (Rhinolophus hipposideros). 

April 2013

During this month I took a lot of interesting photos, but I decided to publish one linked with my research topic. It was taken in Moravian Karst  during collection of tissue samples for DNA analysis with focus on white-nose syndrome. There is a lesser horseshoe bat on the photo (Rhinolophus hipposideros).

Evoluční specialisti na planetě Madagaskar : část 9 : Jsou bramborníčci z Madagaskaru samostatným druhem? (Evolutionary specialists on the planet Madagascar : 9. part : Are the stonechats from Madagascar a separate species? )

(English version at the end of the article)

Bramborníčci jsou ptáci s ohromným hnízdním územím a jejich geografická diverzita dosahuje mnohem větších rozměrů, než se kdysi předpokládalo. Paleotropický komplex druhu Saxicola torquata je docela komplikovaným tématem pro ornitology a jenom v Africe se vyskytuje 12 poddruhů, které si ale možná  zaslouží status druhu. Na Madagaskaru je tradičně rozeznáván poddruh Saxicola torquata sibilla, i když v minulosti došlo k popisům dalších dvou, které dnes nejsou považovány za validní. Tito ptáci jsou na ostrově rozšířeni v mnoha biotopech a nadmořských výškách až do 2500 metrů nad mořem. Já jsem tohoto pěvce pozoroval v národním parku Isalo v otevřené suché savaně. Kromě afrického komplexu je znám ještě druh Saxicolla tectes z ostrova Réunion, který je považován za dobrý druh. 

Studiu fylogenetického postavení bramborníčků z Madagaskaru se věnovala studie Woog et al. (2008). Byly analyzovány sekvence mitochondriální DNA lokusů cytb a nd2 od více druhů bramborníčků z různých oblastí, jako outgroup byl použit rod Luscinia. Výsledný ML strom měl dobré rozlišení a ukázal, že ve skutečnosti se madagaskarští bramborníčci nacházejí na samostatném kladu. Asijští a evropští zástupci (S. maurus, S. rubicola a S. dacotiae) tvořili jeden samostatný klad, druhy z africké oblasti (S. torquata axillaris, S. tectes a S. torquata sibilla) pak další samostatnou linii. Saxicola sibilla z Madagaskaru tvoří monofyletickou linii sesterskou ke Saxicola tectes z Réunionu a tudíž jde o samostatnou evoluční linii. Stejný výsledek byl dosažen i metodou maximální parsimonie a neighbour-joining. Zdá se, že tahle analýza zahrnující více sekvencí ze stejných lokusů ukazuje určitou strukturu především u druhového komplexu afrických bramborníčků, nicméně pro studium fylogeneze a speciace druhů je naprosto nevhodné zahrnovat do analýz více stejných haplotypů. Pak by analýza mohla zahrnout více lokusů (i jaderných) od různých druhů, přičemž z každého bude v datasetu jenom jedna sekvence. Pro takovýto spojený dataset by také bylo vhodné aplikovat i Bayesiánskou metodu. Zde byly analyzovány jen dva lokusy, které zahrnovali sekvenci od každého jedince, takže vložení vnitrodruhové variability do datasetu je nutné brát jako pozitivum. Důležité je totiž, aby se v něm nevyskytovali stejné sekvence, k čemuž v téhle analýze podle údajů v článku nedošlo. Ve studii byla počítána také genetická vzdálenost madagaskarských bramborníčků od africké skupiny a ptáků z Réunionu, která se pohybovala od 4 do 5 %. Pro srovnání byly použity molekulární hodiny udávající signifikantní rozdíl 2 procent genetické vzdálenosti. Následné zhodnocení, že výsledek je mnohem vyšší než používané 2 procenta u mitochondriálních protein kódujících genů je také zřejmě nedostatečné, protože tohle pravidlo nelze rozhodně zobecňovat a je nutné hodiny kalibrovat dle analyzovaných lokusů. Autoři nakonec uvádějí, že je potřebné vykonat mnohem komplexnější fylogenetickou analýzu, každopádně navrhují madagaskarské bramborníčky povýšit na úroveň druhu.

Dalšími znaky, které podporují druhovou samostatnost madagaskarských bramborníčků, jsou ty morfologické. Existují drobné rozdíly ve zbarvení od afrických populací, u této skupiny je to ale obtížný znak v důsledku graduálních změn v průběhu růstu. Morfometrická měření byla provedena jenom pro samce a samice ostrovní populace a nebyla srovnávána s jinými druhy. Je zřejmé, že navzdory tomu, že oficiálně je bramborníček madagaskarský brán jako dobrý druh, bude nutné v budoucnu provést podrobnější studie a získat lepší důkazy pro tuto hypotézu.

Výskyt tří populací bramborníčků, z nichž ta madagaskarská je navržena jako samostatný druh (http://link.springer.com/content/pdf/10.1007%2Fs10336-008-0290-1.pdf).

ML analýza dvou lokusů mitochondriální DNA, podle které jsou madagaskarští bramborníčci monofyletickým kladem. (http://link.springer.com/content/pdf/10.1007%2Fs10336-008-0290-1.pdf).

Stonechats are birds with the vast breeding area and their geographic diversity is much bigger than it was thought before. The paleotropic complex of Saxicola torquata is a quite complicated issue for ornithologists and only in Africa there are 12 subspecies, which may be elevated to the species level. Traditionally, there is a subspecies Saxicola torquata sibilla on Madagascar and there were two additional descriptions of other subspecies in the past. Stonechats exploit many ecosystems in altitudes up to 2500 meter above sea level. I saw this bird in the Isalo national park in the opened savanna. Apart from the African complex there is also a species Saxicolla tectes from Réunion known  Saxicolla tectes, which is considered as valid species.

A study by Woog et al. (2008) was focused on the phylogenetic position of stonechats from Madagascar. Sequences of mitochondrial loci cyt b and nd2 were analysed from more species from different areas, genus Luscinia was used as an outgroup. The resulting ML tree had a good resolution and showed, that Malagasy stonechats form a separate clade. Asian and European representatives (S. maurus, S. rubicola and S. dacotiae) formed one clade, the African ones the second one (S. torquata axillaris, S. tectes a S. torquata sibilla) and the third one was a monophyletic lineage of Saxicola sibilla from Madagascar sister to Saxicola tectes from Réunion. The same topology resulted from the maximal parsimony and neighbour-joining method. It seems, that this analysis including more sequences from the same loci shows a structure especially in the African complex, however, to study a speciation in phylogeny it is completely wrong to include more haplotypes to the dataset. It could contain more loci (also nuclear) from more species with the one sequence from each of them. For such concatenated dataset a Bayesian method could be used. Here, two loci were analysed and there was a sequence from each individual, so the inclusion of the intraspecific variability is very positive. There weren't the same sequences, which is important and it didn't happen in this study. The genetic distance between Malagasy stonechats and the African complex and birds from Réunion varied from 4 to 5 %. For comparison the molecular clock with the significant value of 2 % were used. The following statement, that result is much higher than this value used for the mitochondrial protein-coding genes is not sufficient, because this clock cannot be generalized and it must be calibrated according to the analized loci. The authors claim at the end, that a much more complex phylogenetic analysis is needed, but they suggest the Malagasy stonechats as a separate species. 

The other features, which indicate that the stonechats from the island of Madagascar are a separate species, come from morphology. There are small differences in colouration from African stonechats, but it is a very tricky issue. There are gradual changes in feather colours during ontogeny. Morphometry was done only for females and males from the island population and no comparison to mainland species was made. It is clear, that even though the Malagasy stonechat is oficially valid as a species, more data will be needed for the better understanding of its phylogenetic position. 

The area of three population of stonechats, the one from Madagascar has been sugested to be a separate species. (http://link.springer.com/content/pdf/10.1007%2Fs10336-008-0290-1.pdf).

ML analysis of two mitochondrial loci, which indicates that Malagasy stonechats form a monophyletic lineage. (http://link.springer.com/content/pdf/10.1007%2Fs10336-008-0290-1.pdf).

Zdroj (Reference):

Woog, F., Wink, M., Rastegar-Pouyani, E., Gonzalez, J., & Helm, B. (2008). Distinct taxonomic position of the Madagascar stonechat (Saxicola torquatus sibilla) revealed by nucleotide sequences of mitochondrial DNA. J. Ornithol. 149: 423–430.

Deník zoologa z Madagaskaru (Zoological diary from Madagascar)

Den osmý -jde do tuhého

(English version at the end of the article)

Ráno osmého dne jsem nebyl schopen vstát z postele na snídani, sužovaly mě horečky a navzdory venkovní teplotě přes 25 stupňů Celsia mi byla zima, jako kdybych vlezl nahý do studené vody. Nedalo se dělat nic jiného, než doufat, že se mi povede s pomocí ostatních dopravit se do zhruba 300 kilometrů vzdáleného centra zdejší oblasti, města Fianarantsoa. Téměř celý den jsem proležel na zadních sedadlech našeho mikrobusu, kde jsem odpočíval, abych pak sesbíral všechny síly na zajímavé okamžiky a vyšel ven. Dělal jsem, co jsem mohl a i díky tomu nebyl tenhle den o nic míň zajímavý, než ty ostatní. Po tom, co jsme opustili Isalo a projeli přes Ranohiru, se nám naskytl hrůzu budící pohled. Ocitli jsme se přímo uprostřed ohromného hejna sarančí stěhovavých (Locusta migratoria), které decimují zdejší úrodu. V době, kdy píšu tyto řádky, je Madagaskar sužován invazí tohoto hmyzu a reálně zde hrozí hladomor.

První moment, kdy jsem v sobě našel sílu na to, abych z auta vystoupil, na sebe nenechal dlouho čekat. Přes Route Nacional 7 procházel nejdelší chameleon světa, Furcifer oustaleti. Matúš okamžitě přikázal šoférovi Ubymu, aby zastavil, a běžel ještěra zachránit. Chameleoni se jako jedny z mála zvířat na Madagaskaru téměř neloví, protože se jich většina kmenů Malgašů obává. Setkání s nimi bývá bráno jako předzvěst neštěstí, ale výjimečně je tomu i opačně. Krásnému samci tedy hrozilo spíše to, že skončí pod koly auta, než že by ho pár lidí přihlížejících naší akci chtělo sníst na večeři.

Krajina kolem se pořád zvedala a bylo možné sledovat nádherné skalní masivy. U jednoho z nich jsme se zastavili na jídlo a měli jsme v plánu se krátce projít v rezervaci Anja, která je jednou ze dvou na ostrově, které jsou pod správou místních. Ti se o zdejší přírodu vzorně starají a téměř veškeré zisky z turismu připadají jim. Pozorovali jsme divoké lemury kata (Lemur catta) s mláďaty z bezprostřední blízkosti, což byl skvělý zážitek. Tahle procházka stála za to, i když se už na mně začala projevovat silná únava. Jak jsme se ale blížili k lékařské pomoci, mohl jsem doufat v lepší vyhlídky.

Po několika dalších hodinách na zadních sedadlech v pozici ležmo jsme dorazili do města Ambalavao. Je známé svou výrobou tradičního papíru, který vzniká po zpracování kůry stromů dovážených z východního pobřeží. Dostali jsme přesný výklad všech fází výroby s autentickou ukázkou přímo v továrničce. Pak jsme mohli některé výrobky koupit v malém obchůdku. Zajímavým momentem dne byl ten, kdy jsme seděli po prohlídce společně s Gerardem a Matúšem na lavičce před obchůdkem a debatovali, jak to všechno naplánujeme tak, abych zdárně naši cestu dokončil. „Za několik hodin jsme ve Fianarantsoa, do té doby vydrž. Potřebujeme hlavně, abys dnes dostal léky. Za dva dny dorazíme do pralesů východního pobřeží a tam to bude vrchol tvé cesty, takže musíš být na to připraven,“ říkal mi Matúš a společně jsme hleděli na prázdnou prašnou ulici před námi. Po cestě jsme se ještě zastavili v malé manufaktuře na výrobu nepravého hedvábí. Všechno zde dělaly místní ženy ručně na různých tradičních strojích a látka se barvila jedině přírodními barvivy. Poslední fáze cesty za pomocí začala.

Do Fianarantsoa jsme dorazili před setměním. Povedlo se mi dostat se do pokoje, kam mi Jožko přinesl večeři. Matúš se mezitím vydal hledat lékařku. Jak mi předtím pravil, do místní nemocnice bych rozhodně nemohl, protože při úrovni zdejšího zdravotnictví by mi to mohlo prý ještě víc uškodit. Často se může stát, že se pacient ráno probudí a zjistí, že mu byla bez jeho vědomí odebrána krev. Jehla ale klidně mohla být použita vícekrát... Doktorka naštěstí dorazila až do mého pokoje a začalo dlouhé sezení, kdy se přes Gerarda a Matúše vše překládalo přes francouzštinu do angličtiny a slovenštiny. Nakonec jsem dostal bohatou nadílku léků a zákaz jíst v oblasti pralesů antimalarika. Taková dávka medikamentů by mohla být pro moje játra fatální. Budu si holt muset dávat pozor... V noci jsem se dvakrát probudil s pocitem, že vylézám z bazénu, tak moc jsem se potil. Tenhle den mě ale v mnohém povzbudil. Naše cesta vedla do končin, které jsem velice toužil prozkoumat a konečně jsem měl léky.




In the morning of the eighth day I was not able to get up from my bed, I had a high fever and even though there were 25 Celsius degrees outside, I felt so cold as I jumped into the freezing water naked. I couldn't do anything else than hope that I will successfuly reach Fianarantsoa, the centre of this part of the island almost 300 km far away. I spend almost whole day on the back seats of our microbus resting, because I didnt want to miss the crutial moments of the day.  I tried hard and thanks to that this day was as interesting as the other ones. As we leaved Ranohira, we were hte observators of a horrifying view. All around were the migratory locusts (Locusta migratoria), which are a big threat for the crops. Now, when I am writing these lines, there is an invasion of these insects on Madagascar and the island is in real danger from famine.

The first moment, when I had to go out of the car happened, when the longest chameleon of the world, Furcifer oustaleti was walking across the road and Matúš was running there to save it from death. Chameleons are not a target of hunting on island usually, because most of Malagasy tribes have fear of them. Some of them believe, that an encounter with chameleon can cause a misfortune, but there are some rare exceptions. The nice male was therefore in bigger danger from cars than from people looking at our saving act.

The country around was getting more rocky and we could see a beautiful rock formations. Near one of them we stopped for a lunch and nearby was a natural reserve called Anja, which is one the two on island with only local people as responsible organ. These people really care about the enviroment and almost all benefits from tourism go to them. We could see ring-tailed lemurs (Lemur catta) with offspring from a close distance, which was a nice moment. This walk was very nice, but I started to be exhausted. But as were closer to the help, I could hope for a better future.

After a few more hours at the back of microbus we reached Ambalavao. It is famous for its production of traditional paper made from bark of trees, which are transported from the eastern coast. We saw the exact process with the real people right in front of us. Then we could buy some product in the small shop. An interesting moment of the day was that, when I sat on the bench in front of the shop with Gerard and Matúš and we were discussing the next day of our journey taking into account my health situation. „In a few hours we will be in Fianarantsoa, so you must wait a bit. We need you to get medicaments first. In two days we will reach the rainforests of the east and they will be the highlight of your expedition. I want you to be prepared,“ said Matúš and we were looking at the empty street in front of us. We also stopped to see the manufactory for production of local silk, where women work on traditional machines and the materials are coloured by natural substances. The last fase of the journey started. 

We reached Fianarantsoa right before the nightfall. I was able to go to my room and Jožko brought me a dinner. Meanwhile Matúš started to seek for a doctor. He told me before, that I could not go to the local hospital, because the level of the health care is very low there. Sometimes you can wake up and realise, that somebody had taken your blood, but the needle could be used more times... Fortunately, the doctor appeared in my room and a long session started. The informations were translated from French to English and Slovak through Gerard and Matúš. Finally I got a big amount of medicaments and a prohibition to take antimalarics. It will be too much for my liver. I must be very carefull... During the night I woke up two times and I was so wet as I would go from the swimming pool. This day was after all very encouraging. We were heading for the most fascinating localities from the biological point of view and I finally got the medicaments.

Sledujte mě v terénu (Follow me on travels)

Neziderské jezero 2013

Prvním větším výjezdem, kde jsem měl možnost (a ještě budu mít) zkoušet novou fototechniku, bylo Neziderské jezero na hranici Rakouska a Maďarska. K Nikonu D90 s objektivem NIKKOR AF-S DX 18-200 MM F/3,5-5,6G ED VR II se připojil objektiv Sigma 150-500mm f/5-6.3 AF APO DG OS HSM. Tenhle očekávaný moment jsem přivítal s velikou radostí, protože už od cesty do Puszta Hortobágy jsem toužil po zlepšení kvality fotografií dokumentujících mé výpravy. Na Neziderském jezeře byl zatím vykonán průzkum lokalit zajímavých pro návštěvníky z USA, pro které budu dělat ornitologického průvodce. Co tedy průzkum přinesl?

Přiblížit se k dropům velkým (Otis tarda) na vzdálenost menší než několik stovek metrů je velice obtížné. Navíc jsou to ptáci silně ohrožení ztrátou přirozených otevřených biotopů.  Na hranicích s Maďarskem se nachází přírodní rezervace s populací největších ptáků Evropy, která dává možnost pokusit se tenhle problém obejít. Chce to samozřejmě i nutnou dávku štěstí, ale na výsledek se vyplatí čekat. Budou dropi příště ještě blíž? V okolí jezera se nachází mnoho menších jezer, mokřadů a dočasných nádrží, které jsou útočištěm pro mnoho ptačích druhů. Na lokalitě už byli přítomní rákosníci tamaryškoví (Acrocephalus melanopogon), Lange Lacke zase zaujalo výskytem racků černohlavých (Ichthyaetus melanocephalus) nebo jespáků bojovných (Philomachus pugnax). Bohaté na ptáky jsou nejen lokality na straně Rakouska, ale také ty na straně Maďarska. Na jedné z nich jsme pozorovali veliké seskupení kolih velkých (Numenius arquata) a malých (Numenius phaeopus). V důsledku dlouho trvajících nízkých teplot, nezvykle velkého množství sněhu v této oblasti a mnoha dešťovým srážkám se na mnoha místech nacházela voda, což je výhodné pro vodní ptáky. Lokalita s výskytem dropů byla dokonce tak zaplavená, že nebylo možné projet po silnici  autem. Kromě ornitologických pozorování už bylo možné potkat také zvířata zajímavá pro herpetologa (Natrix natrix). V květnu očekávám mnohem pestřejší skladbu živočichů, je se na co těšit...

The first bigger journey to the field where I could try my new photographic equipment, was to the Neusiedler See on the borders of Austria and Hungary. I have added the lens Sigma 150-500mm f/5-6.3 AF APO DG OS HSM to the first one, NIKKOR AF-S DX 18-200 MM F/3,5-5,6G ED VR II for Nikon D90. I was very happy about it, because since the journey to Puszta Hortobágy I wanted to improve the quality of my documentation. The first survey of the locality was done on Neusiedler See, where I will be a guide for tourist from USA. So, what did we see? 

Getting closer than for a few hundred meters to the great bustards (Otis tarda) is very difficult. These birds are endangered from the habitat loss. Near the borders with Hungary there is a natural reserve with the population of the biggest European representatives of avifauna. We were lucky this time and saw them from a close distance, will it be the same next time? There are many smaller lakes, marshes and watering holes around Neusiedler See and it is a great place to see many bird species. Moustaged warblers (Acrocephalus melanopogon) were already present in the reed near the shore, Lange Lacke was interesting because of mediterranean gulls (Ichthyaetus melanocephalus) and ruffs (Philomachus pugnax). Also the Hungarian side of the locality is very rich in birds, interesting were the big flocks of Eurasian curlews (Numenius arquata) and whimbrels (Numenius phaeopus). Because of long lasting low temperatures, surprisingly big amount of snow and heavy raining the water was on the vast areas, which is positive for birds. The reserve with bustards was even so under the water, that it was not possible to use the road around it and do a complete circuit. Apart from ornithologic finds, there was also an interesting encounter with the grass snake (Natrix natrix). In May I am expecting the more colourful face of this land and I am looking forward to it...